Κάθε αρχείο μετά την εγγραφή του στο Βιβλίο Εισαγωγής εντάσσεται στην κατηγορία αρχείου στην οποία ανήκει και στη συνέχεια γίνεται αποδελτίωση και ευρετηρίαση κατά χρονολογική σειρά.
Σύμφωνα με το σύστημα που ακολουθείται στα Γενικά Αρχεία του Κράτους, κάθε αρχείο μετά την εγγραφή του στο βιβλίο εισαγωγής εντάσσεται στην ομάδα αρχείων στην οποία ανήκει (Ειδικό Ευρετήριο). Η ομαδοποίηση γίνεται με δελτία και είναι θεωρητική και όχι φυσική.
Συγκεκριμένα στα Γ.Α.Κ. – Ιστορικό Αρχείο Ηπείρου υπάρχουν οι εξής ομάδες αρχείων:

Δικαστικά
Διοικητικά
Εκπαιδευτικά
Συμβολαιογραφικά
Ιδιωτικές συλλογές